El análisis de diferenciales consiste en una reacción citoquímica de las células con un reactivo, seguida de un análisis con citometría de flujo con fluorescencia.

Un surfactante del reactivo induce la lisis de los eritrocitos. Al mismo tiempo, las membranas celulares de los leucocitos se perforan dejando poros ultramicroscópicos a través de los cuales pasa un marcador fluorescente con base de polimetina para unirse a los ácidos nucleicos. A continuación, esta muestra preparada se analiza mediante citometría de flujo con fluorescencia.

Las señales de medición relativas a la dispersión lateral (SSC) y fluorescencia lateral (SFL) se analizan y se representan en un diagrama de dispersión. Las células con propiedades citoquímicas similares quedan dentro de la misma área del diagrama de dispersión, y se pueden separar mediante un algoritmo de software avanzado.

El canal de diferenciación ofrece recuentos de todas las subpoblaciones de leucocitos normales, así como información de señales en caso de anomalías.